Căn cứ vào các quy định pháp luật, Cục Thuế Nghệ An trả lời như sau:
+ Về khấu trừ thuế được khấu trừ VAT đầu vào:
- Tại điểm đ, khoản 6, Điều 1, Luật số 31/2013/QH13 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng ngày 19/6/2013 của Quốc hội, quy định về khấu trừ thuế VAT đầu vào thì cơ sở kinh doanh nộp thuế VAT theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ VAT đầu vào như sau: Thuế VAT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế VAT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế”.
- Bên cạnh đó, tại khoản 8, Điều 14, Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế VAT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế VAT, quy định Nguyên tắc khấu trừ thuế VAT đầu vào: Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho”.
+ Kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế: Theo điều 47, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội, quy định về Khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:
- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
- Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.
- Trường hợp sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:
- Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;
- Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
+ Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm: tờ khai bổ sung; bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.
- Tại khoản 4, Điều 7, Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định: “4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47, Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:
- Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.
- Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế VAT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế”.
Căn cứ quy định trên, trường hợp hóa đơn GTGT đầu vào các kỳ trước bị sai, sót chưa kê khai thì người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47, Luật Quản lý thuế, kê khai bổ sung vào kỳ kê khai (tháng, quý) tương ứng với thời điểm phát sinh hóa đơn.
Trường hợp sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thuế thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
Đề nghị Công ty căn cứ tình hình thực tế, đối chiếu với các văn bản quy phạm pháp luật để thực hiện đúng theo quy định.
