Un scientifique d'origine vietnamienne découvre une variante hybride entre Omicron et Delta.
Scott Nguyen a découvert une variante du SARS-CoV-2 qui combine les molécules Omicron et Delta.
Lorsque deux variants du SARS-CoV-2 se rencontrent à l'intérieur du corps d'une personne, il existe un risque de créer un variant hybride, à l'image du monstre de Frankenstein.
Le 16 février, Scott Nguyen est parti à la chasse. Ce qu'il a trouvé était quelque peu surprenant : un variant du SARS-CoV-2 avec la tête du variant Omicron attachée au corps du variant Delta.
Scott Nguyen est bioinformateur au Laboratoire de santé publique de Washington, D.C. Il suit l'évolution des nouveaux variants du virus SARS-CoV-2 qui apparaissent dans la ville.
Nguyen et plusieurs scientifiques du monde entier partagent un passe-temps intéressant : « Nous sommes des chasseurs de variantes. »
Nguyen et d'autres chercheurs spécialisés dans la recherche de variants analysent des millions de séquences génétiques du SARS-CoV-2 dans l'immense base de données GISAID afin de trouver des souches susceptibles de modifier le cours de la pandémie, aidant ainsi les scientifiques à mieux comprendre l'évolution du virus.
Par exemple, en novembre 2021, un chercheur de variants a découvert un ensemble de mutations très inhabituelles d'un variant en Afrique du Sud.Omicron.
Puis, au petit matin de février 2022, Nguyen découvrit non pas une simple variante, mais une toute nouvelle classe de variantes : des variantes combinant des éléments des virus Delta et Omicron. Dans certains cas, le virus semblait optimiser cette combinaison, sélectionnant les meilleures caractéristiques de chaque type pour infecter et échapper à l’immunité.
Deltacron - Protéine de spicule Omicron et corps Delta
Nguyen a découvert une variante qui est principalement de type Delta mais qui contient la protéine de pointe d'Omicron.
À ce jour, cette variante, connue sous le nom de XD, demeure rare. Des scientifiques l'ont détectée en France, au Danemark, en Belgique, aux Pays-Bas, en Allemagne, aux États-Unis, au Royaume-Uni et dans d'autres pays. Cependant, il est probable que de nombreux autres cas d'infection par Deltacron existent.
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| Prélèvement d'échantillons pour analyse dans un aéroport français. Photo : NYTimes |
Les autorités sanitaires, notamment celles de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), surveillent de près ces variants hybrides. Ils illustrent comment les virus peuvent combiner leurs éléments les plus virulents pour former des supervirus. Ce processus, appelé recombinaison, est à l'origine des souches grippales dangereuses.
Le Dr Mike Ryan de l'OMS a déclaré : « Les recombinaisons fréquentes nous exposent à des pandémies de grippe. Nous devons donc être très prudents. »
Par exemple, la protéine Spike d'Omicron est capable de masquer les virus au système immunitaire, notamment à nos anticorps. Par conséquent, XD est en quelque sorte la variante furtive Delta d'Omicron.
« Cette variante présente les meilleurs aspects. Il est surprenant que le virus puisse faire cela si efficacement », a déclaré Nguyen.
Comment sont créées les variantes hybrides ?
Shishi Luo, experte en bioinformatique chez Helix Gene Company, a déclaré que, premièrement, les patients doivent être infectés simultanément par les virus Omicron et Delta.
Luo et ses collègues ont récemment analysé des échantillons provenant de près de 30 000 Américains infectés par le SARS-CoV-2 lors de l’épidémie d’Omicron, de novembre 2021 à février 2022. Ils ont trouvé 20 individus co-infectés par les souches Delta et Omicron.
« Les omicrons apparaissent aux alentours de Noël et du Nouvel An, période de nombreux rassemblements. On participe à un rassemblement et on entre en contact avec la variante Delta, puis on va ailleurs et on est exposé à d'autres omicrons », a expliqué Luo.
Si les deux variants infectent la même cellule, le virus peut achever le processus de recombinaison. Lors de la réplication, un variant emprunte un segment de gènes à l'autre. D'une certaine manière, Delta a intégré une partie du code génétique d'Omicron.
La recombinaison pourrait être la clé du passé et de l'avenir du SARS-CoV-2.
Les scientifiques commencent à peine à comprendre l'importance de la recombinaison dans l'évolution du SARS-CoV-2. « On sait que les coronavirus en général subissent de nombreuses recombinaisons. Pour le SARS-CoV-2, c'est la première fois que nous observons autant de preuves de ce phénomène », a expliqué Luo.
En réalité, la recombinaison pourrait être à l'origine même de l'apparition du SARS-CoV-2. Le mois dernier, des scientifiques de l'Université de Glasgow ont publié des hypothèses concernant l'origine du SARS-CoV-2. Leur analyse a montré qu'un animal du marché de fruits de mer de Wuhan aurait pu être co-infecté par deux virus simultanément. Ces deux virus se seraient combinés, à l'instar des virus Omicron et Delta, pour créer la première version du SARS-CoV-2.
Scott Nguyen a déclaré : « Vous savez, dès le début de la pandémie, nous espérions tous que le SARS-CoV-2 ne muterait pas trop. Mais ce virus nous a surpris à tous les égards. »
« Je pense donc que ces variants recombinants fournissent des indices intéressants sur la façon dont ce virus va évoluer » — et sur la rapidité avec laquelle le prochain variant pourrait apparaître.