Un scientifique vietnamien découvre une variante hybride entre Omicron et Delta

Lorsque deux variants du SRAS-CoV-2 se rencontrent à l’intérieur du corps d’une personne, il existe un risque de créer un variant hybride comme le monstre de Frankenstein.

Le 16 février, Scott Nguyen partait à la chasse. Ce qu'il a découvert était une surprise : un variant du SARS-CoV-2 dont la tête du variant Omicron était collée au corps du variant Delta.

Scott Nguyen est bioinformaticien au Laboratoire de santé publique de Washington, DC (États-Unis). Il suit l'apparition des nouveaux variants du SARS-CoV-2 dans la ville.

Nguyen et une poignée de scientifiques du monde entier ont un passe-temps intéressant : « Nous sommes des chasseurs de variantes. »

Nguyen et d'autres chasseurs de variantes recherchent parmi des millions de séquences génétiques du SRAS-CoV-2 dans une base de données massive, connue sous le nom de GISAID, pour trouver des souches qui pourraient changer le cours de la pandémie, aidant les scientifiques à mieux comprendre comment le virus évolue.

Par exemple, en novembre 2021, un chercheur de variants a découvert un ensemble très étrange de mutations dans un variant en Afrique du Sud.Omicron.

Puis, aux premières heures de février 2022, Nguyen a découvert non pas un autre variant, mais une toute nouvelle classe de variants : des variants combinant des éléments des variants Delta et Omicron. Dans certains cas, le virus semble optimiser cette combinaison, en sélectionnant les meilleurs traits de chaque variant pour infecter et échapper à l'immunité.

Deltacron - Protéine de pointe Omicron et protéine souche Delta

Nguyen a découvert une variante qui était principalement Delta mais qui contenait la protéine de pointe Omicron.

Jusqu'à présent, ce variant, appelé XD, est rare. Des scientifiques ont détecté XD en France, au Danemark, en Belgique, aux Pays-Bas, en Allemagne, aux États-Unis et au Royaume-Uni… Mais il pourrait y avoir beaucoup plus de cas de ce Deltacron.

Prélèvement d'échantillons pour analyses dans un aéroport français. Photo : NYTimes

Les responsables de la santé, notamment ceux de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), surveillent de près ces variants hybrides. Ils montrent comment les virus peuvent combiner leurs éléments les plus puissants pour former des supervirus. Ce processus, appelé réassortiment, est à l'origine de souches grippales dangereuses.

« Le réassortiment est un phénomène auquel nous sommes constamment confrontés en cas de pandémie de grippe, nous devons donc être très prudents », a déclaré le Dr Mike Ryan de l’OMS.

Par exemple, la protéine Spike d'Omicron a la capacité de dissimuler le virus à notre système immunitaire, et plus particulièrement à nos anticorps. XD est donc en quelque sorte le variant Delta masqué d'Omicron.

« Ce variant a les meilleurs atouts. C'est surprenant que le virus soit aussi performant », a déclaré Nguyen.

Comment naissent les variantes hybrides ?

Tout d’abord, le patient doit être infecté par Omicron et Delta en même temps, a déclaré Shishi Luo, bioinformaticien chez Helix Gene Technology.

Luo et ses collègues ont récemment analysé des échantillons de près de 30 000 Américains infectés par le SRAS-CoV-2 lors de l'épidémie d'Omicron, de novembre 2021 à février 2022. Ils ont trouvé 20 personnes co-infectées par Delta et Omicron.

« Omicron est apparu aux alentours de Noël et du Nouvel An, période durant laquelle les rassemblements étaient nombreux. On se rend à un rassemblement et on est exposé au variant Delta, puis on va ailleurs et on est exposé à Omicron », a expliqué Luo.

Si les deux variants infectent une cellule, les virus peuvent achever le processus de recombinaison. Lors de la réplication, un variant prend un fragment du gène de l'autre. D'une certaine manière, Delta a pris une partie du code génétique d'Omicron.

La recombinaison pourrait détenir la clé du passé et de l'avenir du SARS-CoV-2

Les scientifiques commencent tout juste à comprendre l'importance de la recombinaison dans l'évolution du SARS-CoV-2. « On sait que les coronavirus en général présentent un fort potentiel de recombinaison. Pour le SARS-CoV-2, c'est la première fois que nous constatons autant de preuves de ce phénomène », a déclaré Luo.

En fait, la recombinaison pourrait être à l'origine de l'existence du SARS-CoV-2. Le mois dernier, des scientifiques de l'Université de Glasgow ont publié une nouvelle théorie sur les origines du SARS-CoV-2. Leur analyse suggère qu'un animal du marché aux poissons de Wuhan pourrait avoir été co-infecté simultanément par deux virus. Ces deux virus se sont combinés, comme le font Omicron et Delta, pour créer la version originale du SARS-CoV-2.

« Vous savez, au début de la pandémie, nous espérions tous que le SARS-CoV-2 ne muterait pas trop », a déclaré Scott Nguyen. « Mais ce virus nous a surpris à tous les niveaux. »

« Je pense donc que ces variantes recombinantes fournissent des indices intéressants sur la manière dont ce virus va évoluer » — et sur la rapidité avec laquelle la prochaine variante pourrait émerger.