Năm 1997, Chi cục Kiểm lâm Nghệ An phối hợp với Viện Điều tra, quy hoạch rừng Việt Nam tiến hành khảo sát, điều tra và nghiên cứu dự án khả thi đầu tư xây dựng Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt. Kết quả khảo sát, nghiên cứu của các nhà khoa học cho thấy, Pù Hoạt có đủ điều kiện để thành lập Khu Bảo tồn thiên nhiên với diện tích được đề xuất là 67.934 ha, nằm trên địa giới hành chính của 6 xã: Đồng Văn, Hạnh Dịch, Nậm Giải, Thông Thụ, Tiền Phong và Tri Lễ của huyện Quế Phong, tỉnh Nghệ An. Tuy nhiên, do điều kiện lịch sử tại thời điểm đó, Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt chưa được thành lập, diện tích rừng quy hoạch của Khu Bảo tồn được giao cho Hạt Kiểm lâm Quế Phong trực tiếp quản lý và bảo vệ.
Ngày 2/4/2013, trước yêu cầu của thực tiễn đặt ra trong công tác quản lý, bảo vệ rừng, bảo tồn đa dạng sinh học trên địa bàn huyện Quế Phong, đồng thời, thực hiện chủ trương sắp xếp, đổi mới tổ chức ngành Lâm nghiệp, UBND tỉnh Nghệ An đã ban hành Quyết định số 1109/QĐ-UBND về việc chuyển đổi Ban Quản lý rừng phòng hộ Quế Phong thành Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt, trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Nghệ An.
Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt được thành lập với nhiệm vụ quản lý, bảo vệ rừng và bảo tồn tính đa dạng sinh học của 90.741,10 ha rừng và đất rừng trên địa bàn huyện Quế Phong (bao gồm cả diện tích rừng đặc dụng và rừng phòng hộ). Tròn 2 tháng sau, vào ngày 2/6/2013, UBND tỉnh Nghệ An tổ chức Lễ công bố Quyết định số 1109/QĐ-UBND, và Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt chính thức đi vào hoạt động.
Những thời gian đầu mới thành lập, Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt gặp rất nhiều khó khăn. Cơ cấu tổ chức bộ máy chưa ổn định, chưa phù hợp với yêu cầu, nhiệm vụ mới đặt ra; số lượng biên chế rất mỏng, với 24 người thuộc 2 phòng chuyên môn và 4 trạm quản lý, bảo vệ rừng; cơ sở vật chất vừa thiếu, vừa xuống cấp không đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ đặt ra; công tác quản lý, bảo vệ rừng đang diễn biến hết sức phức tạp. Xác định được những khó khăn, thách thức, ngay sau khi thành lập, Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã nhanh chóng kiện toàn lại cơ cấu tổ chức bộ máy, khắc phục mọi khó khăn để tập trung phối hợp với các cấp, các ngành và chính quyền triển khai đồng bộ các giải pháp nhằm hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao.
Nhìn lại chặng đường 10 năm đã qua, Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã rất nỗ lực cố gắng khắc phục những khó khăn, vận dụng sáng tạo những điều kiện thực tiễn khách quan, phát huy các tiềm năng, lợi thế để dần ổn định đơn vị. Qua nhiều lần sắp xếp và thay đổi, đến nay, về cơ bản cơ cấu tổ chức bộ máy hoạt động của đơn vị đã được sắp xếp phù hợp với quy định của pháp luật (Nghị định số 120/2020/NĐ-CP ngày 07/10/2020) và đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ đặt ra theo hướng tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả.
Hiện tại, cơ cấu tổ chức bộ máy của Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt gồm: Ban giám đốc, 3 phòng chuyên môn và 1 hạt kiểm lâm trực thuộc. Tổng số biên chế của đơn vị là 62 người, trong đó, có 11 biên chế công chức kiểm lâm, 20 biên chế viên chức kiểm lâm, 4 biên chế viên chức sự nghiệp và 29 hợp đồng lao động hưởng lương tự trang trải. Đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức của đơn vị đã được đào tạo bài bản, đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ đặt ra, trong đó, về chuyên môn có 1 tiến sỹ; 12 thạc sỹ, 48 đại học và 3 trung cấp; về trình độ lý luận chính trị có 2 cao cấp, 19 trung cấp và 25 sơ cấp.
Đơn vị đã nỗ lực tranh thủ các chương trình, dự án và các nguồn đầu tư để xây dựng, trang bị các cơ sở vật chất. Đến nay, hệ thống cơ sở hạ tầng từ trụ sở làm việc đến hệ thống các trạm quản lý, bảo vệ rừng đặt tại cơ sở đã được đầu tư xây dựng đồng bộ, hiện đại và đáp ứng tốt yêu cầu nhiệm vụ đặt ra; các trang thiết bị, máy móc phục vụ cho hoạt động hành chính cũng như hoạt động chuyên môn đã cơ bản trang bị đầy đủ.
Trong 10 năm qua, với việc triển khai đồng bộ các giải pháp và cùng với sự nỗ lực quyết tâm của công chức, viên chức và người lao động, đơn vị đã bảo vệ tốt diện tích 86.414,38 ha rừng và đất lâm nghiệp; duy trì ổn định hệ sinh thái rừng đầu nguồn, độ che phủ của rừng. Trên địa bàn quản lý đã cơ bản ngăn chặn, xóa bỏ các điểm nóng về khai thác, buôn bán, vận chuyển lâm sản và săn, bắt động vật rừng trái phép, không để cháy rừng xảy ra.
Trong những năm gần đây, Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã tập trung đổi mới công tác quản lý, bảo vệ rừng theo hướng nâng cao tính xã hội hóa để giữ vững an ninh rừng. Tranh thủ tối đa sự chỉ đạo của các cấp, các ngành, phối hợp với cấp ủy, chính quyền địa phương trong công tác quản lý, bảo vệ rừng; thu hút cộng đồng dân cư, các tổ, đội bảo vệ rừng, các thôn vùng đệm tham gia bảo vệ rừng.
Trong giai đoạn năm 2013 – 2023, Khu Bảo tồn đã giao khoán bảo vệ rừng cho 40.061 lượt hộ gia đình, tổ chức, với tổng diện tích bình quân mỗi năm là 73.983 ha từ các nguồn vốn khác nhau. Hàng tháng, các tổ, đội quản lý, bảo vệ rừng cộng đồng phối hợp với kiểm lâm viên các trạm tổ chức tuần tra, kiểm tra rừng; đồng thời, thường xuyên nắm bắt, cung cấp thông tin trong cộng đồng để các trạm kiểm lâm có giải pháp đấu tranh, ngăn chặn hiệu quả, kịp thời các hành vi xâm hại rừng, góp phần giữ vững an ninh rừng. 10 năm qua, lực lượng kiểm lâm Pù Hoạt đã phối hợp với cộng đồng các thôn, bản nhận khoán và các đơn vị chức năng đóng trên địa bàn tổ chức được 7.077 cuộc tuần tra, kiểm tra rừng tại gốc và truy quét các đối tượng khai thác, tập kết, vận chuyển lâm sản trái phép trên địa bàn. Thông qua tin báo của nhân dân, đã phát hiện và xử lý 271 vụ vi phạm, trong đó, xử lý vi phạm hành chính 261 vụ vi phạm và phối hợp với các cơ quan có thẩm quyền xử lý hình sự 10 vụ vi phạm, tịch thu hơn 726m3 gỗ các loại cùng nhiều tang vật, phương tiện, dụng cụ vi phạm khác như xuồng ba lá, xe máy, cưa xăng, súng kíp… Đã thực hiện xử phạt, thu nộp vào ngân sách Nhà nước hơn 5.136.000.000 đồng.
Song song với công tác quản lý, bảo vệ rừng, Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã quan tâm, chú trọng đến công tác nghiên cứu khoa học và thu được những kết quả đáng ghi nhận. Hệ thống thông tin, dữ liệu khoa học về đa dạng sinh học của khu hệ động, thực vật đã từng bước được hoàn thiện, bổ sung mới rất nhiều dữ liệu khoa học so với thời gian đầu mới thành lập, góp phần nâng cao vai trò, vị thế và hình ảnh của khu bảo tồn ra tầm khu vực.
Từ năm 2013 đến nay, đơn vị đã phối hợp với các trường đại học, viện nghiên cứu và các tổ chức khoa học trong nước cũng như quốc tế như Viện Sinh thái và Thiên nhiên sinh vật, Bảo tàng thiên nhiên Việt Nam, Trung tâm Môi trường và Phát triển của Hiệp hội Khoa học Nghệ An, Đại học Lâm nghiệp Việt Nam, Trường Đại học Vinh, Trung tâm Nhiệt đới Việt – Nga, Dự án rừng và đồng bằng, Dự án Enrich… Qua đó, đã thực hiện được 13 đề tài nghiên cứu về động, thực vật rừng.
Kết quả điều tra nghiên cứu khẳng định Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt là một trong số ít khu bảo tồn của quốc gia có tính đa dạng sinh học cao. Về thực vật: Bước đầu đã xác định được 2.425 loài thực vật của 885 chi, 208 họ thuộc 6 ngành thực vật bậc cao; trong đó, đã thống kê được 130 loài thực vật có nguy cơ bị đe dọa tuyệt chủng ở mức độ khác nhau. Về động vật, kết quả nghiên cứu đã xác định được 1.315 loài động vật của 221 họ, 56 bộ thuộc 6 lớp; trong đó, đã thống kê được 199 loài động vật có nguy cơ bị đe dọa tuyệt chủng ở các mức độ khác nhau. Các giá trị về đa dạng sinh học và các dữ liệu nghiên cứu về các loài động, thực vật của Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt liên tục được cập nhật, bổ sung thông qua các chương trình, đề tài nghiên cứu.
Trên cơ sở các kết quả nghiên cứu đã thực hiện, đơn vị đã bước đầu nghiên cứu chuyên sâu theo hướng bảo tồn gắn với phát triển, trước mắt, tập trung nghiên cứu thử nghiệm gieo ươm, nhân giống và phát triển các loài quý hiếm và các loài có giá trị kinh tế cao. Trong những năm qua, đơn vị đã nghiên cứu gieo ươm, nhân giống thành công nhiều loài như: Sa mu dầu, củ bình vôi vàng, cây mú từn, lá khôi tía, mắc khẻn… Các loài cây này sau khi được gieo ươm thành công đã được đưa ra trồng thử nghiệm ở thực địa.
Công tác phát triển rừng cũng là một nhiệm vụ được Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt hết sức chú trọng để có nhiều hoạt động tuyên truyền, vận động nhân dân tham gia công tác trồng rừng, từng bước đưa công tác xã hội hóa nghề rừng đến với nhân dân. Từ năm 2013 đến nay, Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã tiến hành thiết kế, lập hồ sơ thiết kế kỹ thuật và dự toán kinh phí trồng rừng tập trung tổng diện tích là 3.101,18 ha và 1.521.872 cây phân tán phân bổ trên toàn huyện Quế Phong. Cùng với công tác trồng rừng, trong những năm qua, Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã thực hiện tốt công tác chăm sóc rừng trồng phòng hộ, đặc dụng, với tổng khối lượng là 527,4 ha; tiến hành gieo tạo hơn 4 triệu cây giống các loại, đáp ứng tiêu chuẩn và nhu cầu của khu bảo tồn trong việc thực hiện một số dự án và nhu cầu của người dân trên địa bàn.
Quá trình 10 năm xây dựng và phát triển, các thế hệ lãnh đạo, công chức, viên chức và người lao động của Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt luôn đoàn kết, thống nhất mang hết tâm huyết, trí tuệ và công sức của mình để bảo vệ, phát triển tài nguyên rừng và bảo tồn đa dạng sinh học. Đến nay, Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt đã dần khẳng định được vai trò, vị thế và trở thành một trong những đơn vị dẫn đầu của ngành Lâm nghiệp tỉnh Nghệ An; cơ sở vật chất đã được đầu tư xây dựng, mua sắm khá đồng bộ, khang trang, bề thế, đáp ứng cơ bản cho việc thực hiện các nhiệm vụ đặt ra. Ghi nhận những nỗ lực, phấn đấu của các thế hệ lãnh đạo, công chức, viên chức và người lao động của Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt, Đảng, Nhà nước và tỉnh Nghệ An đã trao tặng nhiều phần thưởng cao quý như: Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen; 3 lần được Bộ Nông nghiệp và PTNT và Tổng cục Lâm nghiệp tặng Bằng khen; 4 lần Chủ tịch UBND tỉnh tặng Bằng Khen; 3 lần UBND tỉnh tặng Cờ thi đua. Đặc biệt, năm 2023, đơn vị đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Ba. Đây là phần thưởng xứng đáng cho những nỗ lực của tập thể lãnh đạo, công chức, viên chức và người lao động của đơn vị qua các thời kỳ đã không quản ngại khó khăn, vất vả, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.
Phát huy truyền thống và những kết quả đã đạt được trong suốt 10 năm xây dựng và phát triển, trong thời gian tiếp theo, tập thể lãnh đạo, công chức, viên chức và người lao động của Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt tiếp tục đoàn kết, năng động, sáng tạo và nỗ lực vượt khó vươn lên, phấn đấu đưa Khu Bảo tồn thiên nhiên Pù Hoạt trở thành trung tâm bảo tồn đa dạng sinh học và du lịch của tỉnh Nghệ An và khu vực.