Что нужно знать о варианте «Омикрон», вызывающем беспокойство во всем мире

«Мы мало что знаем об этом варианте. Известно лишь, что у него большое количество мутаций, и что большое количество мутаций может существенно влиять на поведение вируса», — заявила доктор Мария Ван Керкхове, технический директор ВОЗ, в прямом эфире на страницах организации в социальных сетях.

Всего через 15 дней после первого обнаружения варианта B.1.1.529 (варианта Омикрон) посредством генетического секвенирования мы увидели его распространение в Африке, в результате чего число случаев заболевания достигло рекордных значений и вызвало обеспокоенность ученых по всему миру относительно его опасности.

ВОЗ также пришлось созвать экстренное совещание в пятницу (26 ноября) для прямого обсуждения этого варианта. В следующей статье мы узнаем, почему.вариантB.1.1.529 вызывает такое беспокойство, и что мы можем сделать, чтобы предотвратить его появление и распространение во Вьетнаме?

Мутации в варианте B.1.1.529 и их влияние

Ученые из Южной Африки обнаружили более 30 различных мутаций в белке-шипе, который прикрепляется к клеткам организма.вирусСписок зарегистрированных мутаций (который может быть неполным) включает:

Консервативные мутации Spike: A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F;

Источник изображения: Brain Light/Alarmy

Консервативные не-шиповые мутации: NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R.

Многие мутации в этом шипе не являются распространенными, например, N856K, Q954H, N969K или L918F, которые являются новыми мутациями, зарегистрированными в менее чем 100 образцах пациентов по всему миру, или мутации, такие как Q493K и Y505H, которые были собраны из образцов сточных вод в Нью-Йорке, но по-прежнему чрезвычайно редки в образцах человека (менее 200 образцов по всему миру).

Потенциальное влияние вышеуказанных мутаций на экспрессию варианта можно перечислить следующим образом:

- Множественные мутации в областях RBD (рецептор-связывающий домен) и NTD (N-концевой домен) обусловливают резистентность к нейтрализующим антителам (и/или терапии моноклональными антителами);

- Мутационный кластер H655Y+N679K+P681H, прилегающий к месту расщепления фурином, может способствовать более эффективному проникновению в клетку, повышая инфекционность;

- Делеционная мутация nsp6 (Δ105-107), аналогичная делеционным мутациям в вариантах Альфа, Бета, Гамма, Лямбда, может быть связана с уклонением от врожденной иммунной системы (антагонизм к интерферону), а также может повышать инфекционность;

- Мутации R203K+G204R в нуклеокапсиде, обнаруженные в вариантах Альфа, Гамма и Лямбда, могут повышать инфекционность;

- Мутация NSP4-T492I аналогична мутации ORF1b:T2163I в недавнем штамме AY.43 в Чили, что позволяет вирусу быть суперинфекционным.

Многие вирусологи по всему миру сходятся во мнении, что если бы мир не столкнулся с пандемией COVID-19, этот вариант можно было бы определить как новый штамм, а не просто как вариант.

Эпидемиологическое воздействие

Хотя пока ещё слишком рано точно рассчитать заразность, мы наблюдаем очень быстрое распространение этого варианта в Южной Африке. Менее чем за две недели он составил 75% всех секвенированных образцов, что фактически свело на нет волну эпидемий, вызванных штаммом «Дельта» с февраля 2021 года. Только 23 ноября в Южной Африке было зарегистрировано почти 19 000 случаев заражения, что в 20 раз больше, чем за предыдущие три дня.

Число случаев заражения и выздоровления в ЮАР за день. Источник: CoronaTracker

Одним из положительных моментов является то, что вариант «Омикрон» можно обнаружить методом ОТ-ПЦР без необходимости секвенирования, поскольку у B.1.1.529 имеется мутация в гене S в позиции 69–70, аналогичная варианту «Альфа». Это позволяет всем странам отслеживать ситуацию и готовиться к её появлению, как только он начнёт появляться. Это единственный положительный момент на данный момент.

Благодаря этой особенности учёные из CERI (Южноафриканского института эпидемиологической готовности и инноваций) подсчитали, что по меньшей мере 90% случаев, зарегистрированных в провинции Гаутенг, приходится на этот вариант, что составляет более 1000 случаев в день. Это число стремительно растёт во всех регионах ЮАР.

В Цване (провинция Гуатенг, ЮАР) ситуация стремительно ухудшается: всего за 2 недели доля положительных результатов нового варианта в общем количестве образцов резко возросла с 1% до более чем 30%.

Принятые меры

Несмотря на рекомендации ВОЗ, европейские страны и Великобритания ввели ограничения на поездки в ряд африканских стран, включая ЮАР. В своём заявлении еврокомиссар Урсула фон дер Ляйен заявила: «Европейский союз в тесном сотрудничестве с государствами-членами предложит активировать экстренный механизм для блокировки авиасообщения с регионом Южной Африки в связи с новым опасным вариантом вируса B.1.1.529».

Тем временем Великобритания внесла шесть стран, включая ЮАР, Намибию, Летосо, Эсватини и Зимбабве, в свой красный список. Это означает, что с 12:00 пятницы все рейсы из этих стран будут приостановлены до 4:00 воскресенья (28 ноября). Сингапур также запретил въезд краткосрочным туристам и лицам с долгосрочными учебными/рабочими визами, которые посещали эти страны в течение последних 14 дней.

Однако ограничения на поездки, даже самые экстремальные, не являются долгосрочным решением. Недавно в странах на разных континентах начали регистрироваться первые случаи заболевания, в том числе один в Бельгии, один в Израиле и четыре в Гонконге.

Так что же нам нужно сделать?

Столкнувшись с риском проникновения этого варианта на территорию Вьетнама, мы должны принять тщательные меры подготовки, включая:

– Временные меры: ограничить въезд в страны с циркулирующими вариантами вируса/географически смежные страны, включая: Ботсвану, Эсватини, Летосо, Мозамбик, Намибию, ЮАР, Зимбабве, Гонконг, Бельгию, Израиль. Продолжать мониторинг и дополнять вышеуказанный список по мере необходимости. Эти меры следует сохранять до тех пор, пока мы не получим полное представление о варианте вируса и его влиянии на эффективность вакцины, или пока система здравоохранения не будет достаточно подготовлена ​​к новой вспышке.

- Разработать систему скрининга циркулирующих вариантов путем секвенирования генов или проведения случайного TaqPath на собранных образцах, включая отечественные или импортные образцы;

- Разработать национальную стратегию вакцинации для безопасной вакцинации в кратчайшие сроки, переходя к третьей дозе для групп риска, включая людей старше 65 лет, работников здравоохранения и лиц с сопутствующими заболеваниями, особенно тех, кто получил две дозы вакцин в дополнение к двум лицензированным мРНК-вакцинам.

- Укрепить систему здравоохранения на низовом уровне, увеличить возможности отбора проб, а также возможности тестирования методом ОТ-ПЦР в реальном времени, чтобы иметь возможность выдавать результаты в течение 24 часов после сбора образцов;

Сообщение 5К.

- Строго реализуйте послание 5К

- Разработать вакцины, способные усилить защиту от этого варианта. Теоретически, сочетание нескольких мутаций в белке шипа должно значительно снизить эффективность существующих вакцин, и исследование «Дельта» показало, что это действительно так. Таким образом, хотя и не полностью инактивируется, защита от этого варианта будет значительно снижена.

Хотя мы до сих пор не до конца понимаем механизм и влияние этого варианта на течение заболевания, мы должны сохранять бдительность в отношении любого риска проникновения этого варианта в страну, что в очередной раз станет тяжелым бременем для хрупкой системы здравоохранения, которая все еще восстанавливается.

Столкновение со вспышкой, вызванной штаммом «Дельта», принесло нам слишком много потерь в человеческих, материальных и моральных ресурсах, и мы абсолютно не можем допустить, чтобы это повторилось, полностью перечеркнув усилия по вакцинации, предпринятые в прошлый раз.