L'Afrique du Sud identifie une nouvelle variante du virus SARS-CoV-2 présentant le plus grand nombre de mutations jamais observées

Le personnel médical prélève des échantillons de sang pour le test COVID-19 à Richmond, Johannesburg, Afrique du Sud. Photo : AFP/TTXVN

Selon un rapport non publié de l'Institut national des maladies transmissibles (NICD) et de l'Unité de recherche et d'innovation en génomique du KwaZulu-Natal, le nouveau variant est un variant préoccupant (VOI), rattaché à la lignée PANGO C.1.2, ou C.1.2 en abrégé. Ce variant est issu de C.1, l'une des souches dominantes du virus qui a dominé la première vague d'infections de COVID-19 en Afrique du Sud l'année dernière et a été détecté pour la dernière fois en janvier 2021.

Le variant C.1.2 a été détecté pour la première fois dans les provinces sud-africaines de Mpumalanga et de Gauteng en mai 2021, alors que le pays luttait pour contenir la troisième vague d'infections à la COVID-19. À ce jour, le variant a été détecté dans la plupart des provinces d'Afrique du Sud et dans sept autres pays d'Afrique, d'Europe, d'Asie et d'Océanie.

Selon l'étude, le variant C.1.2 présente 41,8 mutations par an. La vitesse de propagation de ce variant est environ 1,7 fois plus rapide que le taux mondial actuel et 1,8 fois plus rapide que l'estimation initiale de l'évolution du virus SARS-CoV-2. Au 20 août, 80 séquences correspondant à la lignée C.1.2 étaient répertoriées dans la base de données en libre accès GISAID (Initiative mondiale pour le partage des données sur la grippe aviaire).

Le vice-ministre sud-africain de la Santé, Anban Pilla, a déclaré que la prévalence du nouveau variant dans les échantillons testés « est très faible à ce stade ». Cependant, le nombre de génomes C.1.2 séquencés en Afrique du Sud a augmenté d'un mois à l'autre, à l'instar de ce qui a été observé au début de l'épidémie des variants Bêta et Delta. En mai 2021, le C.1.2 représentait 0,2 % de tous les génomes séquencés. En juin, ce chiffre est passé à 1,6 % et en juillet, il était de 2 %.

Selon les chercheurs, les chiffres disponibles « sont probablement une représentation incomplète de la propagation et de la fréquence de cette variante en Afrique du Sud et dans le monde ».

Cathrine Scheepers, l'une des principales auteurs de l'étude, a déclaré que le nouveau variant « pourrait être apparu après une infection prolongée au COVID-19 et avoir accumulé des mutations supplémentaires, échappant potentiellement à la réponse immunitaire ».

Le président du Comité consultatif national sur les vaccins d'Afrique du Sud, le professeur Barry Schoub, a confirmé que le C.1.2 fait toujours l'objet d'une enquête approfondie et qu'il reste à voir si ce variant peut être plus dangereux que d'autres variants préoccupants.