Ce que vous devez savoir sur le variant Omicron qui suscite des inquiétudes dans le monde entier

« Nous ne savons pas encore grand-chose sur ce variant. Ce que nous savons, c'est qu'il présente un grand nombre de mutations, et que lorsqu'elles sont nombreuses, elles peuvent avoir un impact important sur le comportement du virus », a déclaré le Dr Maria Van Kerkhove, directrice technique de l'OMS, lors d'une diffusion en direct sur les réseaux sociaux de l'organisation.

À peine 15 jours après la première détection du variant B.1.1.529 (variant Omicron) grâce au séquençage génétique, nous l'avons vu se propager en Afrique, poussant le nombre de cas à des niveaux records et inquièteant les scientifiques du monde entier quant à son niveau de dangerosité.

L'OMS a également dû convoquer une réunion d'urgence vendredi 26 novembre pour discuter directement de ce variant. Dans l'article suivant, nous en expliquons les raisons.varianteLe virus B.1.1.529 est si inquiétant, et que pouvons-nous faire pour empêcher son apparition et sa propagation au Vietnam ?

Mutations du variant B.1.1.529 et leur impact

Des scientifiques en Afrique du Sud ont découvert plus de 30 mutations différentes dans la protéine de pointe, la partie qui l'attache aux cellules du corps,virusLa liste des mutations enregistrées (qui peut ne pas être complète) comprend :

Mutations de Spike conservées : A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F ;

Source de l'image : Brain Light/Alamy

Mutations non-spike conservées : NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T ; NSP4 – T492I ; NSP5 – P132H ; NSP6 – Δ105-107, A189V ; NSP12 – P323L ; NSP14 – I42V ; E – T9I ; M – D3G, Q19E, A63T ; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R.

De nombreuses mutations de pointe ne sont pas courantes, comme N856K, Q954H, N969K ou L918F, qui sont toutes de nouvelles mutations enregistrées dans moins de 100 échantillons de patients dans le monde, ou des mutations telles que Q493K et Y505H, qui ont été collectées à partir d'échantillons d'eaux usées à New York, mais qui sont encore extrêmement rares dans les échantillons humains (moins de 200 échantillons dans le monde).

Les effets potentiels des mutations ci-dessus sur l’expression du variant peuvent être répertoriés comme suit :

- De multiples mutations dans les régions RBD (domaine de liaison au récepteur) et NTD (domaine N-terminal) confèrent une résistance aux anticorps neutralisants (et/ou à la thérapie par anticorps monoclonaux) ;

- Le groupe de mutations H655Y+N679K+P681H adjacent au site de clivage de la furine peut faciliter une entrée cellulaire plus efficace, augmentant ainsi l'infectiosité ;

- La mutation par délétion nsp6 (Δ105-107), similaire aux mutations par délétion sur les variants Alpha, Beta, Gamma, Lambda, peut être associée à une évasion du système immunitaire inné (antagonisme de l'interféron) et peut également augmenter l'infectiosité ;

- Les mutations R203K+G204R dans la nucléocapside, trouvées dans les souches Alpha, Gamma et Lambda, peuvent augmenter l'infectiosité ;

- La mutation NSP4-T492I est similaire à la mutation ORF1b:T2163I de la récente souche AY.43 au Chili, ce qui permet au virus d'avoir une capacité super-infectieuse.

De nombreux virologues du monde entier s’accordent à dire que, si le monde n’était pas confronté à la pandémie de Covid-19, cette variante à elle seule pourrait être définie comme une nouvelle souche plutôt qu’une simple variante.

Impact épidémiologique

Bien qu'il soit encore trop tôt pour calculer le potentiel de transmission exact, nous constatons que ce variant se propage très rapidement en Afrique du Sud. En moins de deux semaines, il a représenté 75 % de tous les échantillons séquencés, éliminant ainsi la vague épidémique provoquée par la souche Delta depuis février 2021. Rien que le 23 novembre, l'Afrique du Sud a enregistré près de 19 000 infections, soit 20 fois plus que les trois jours précédents.

Nombre d'infections et de guérisons par jour en Afrique du Sud. Source : CoronaTracker

Un point positif est que le variant Omicron peut être détecté par RT-PCR sans séquençage, car le variant B.1.1.529 présente une mutation du gène S en position 69-70, similaire au variant Alpha. Cela permet à tous les pays de surveiller et de se préparer dès l'apparition de ce variant. C'est également le seul point positif à ce jour.

Grâce à cette caractéristique, les scientifiques du CERI (Institut sud-africain de préparation et d'innovation aux épidémies) ont estimé qu'au moins 90 % des cas recensés dans la province du Gauteng sont dus à ce variant, soit plus de 1 000 cas par jour. Ce chiffre est en augmentation et connaît une croissance spectaculaire dans toutes les régions d'Afrique du Sud.

À Tshwane (province du Guatemala, Afrique du Sud), la situation s’aggrave rapidement puisque le taux positif du nouveau variant dans le nombre total d’échantillons est passé de 1% à plus de 30% en seulement 2 semaines.

Mesures prises

Malgré les recommandations de l'OMS, les pays européens et le Royaume-Uni ont imposé des restrictions de voyage à plusieurs pays africains, dont l'Afrique du Sud. Dans sa déclaration, la commissaire européenne Ursula von der Leyen a déclaré : « L'Union européenne, en étroite coordination avec les États membres, proposera d'activer un mécanisme d'urgence pour empêcher les voyages aériens en provenance d'Afrique australe en raison du nouveau variant préoccupant B.1.1.529. »

Parallèlement, le Royaume-Uni a placé six pays, dont l'Afrique du Sud, la Namibie, le Lethoso, l'Eswatini et le Zimbabwe, sur la liste rouge. Cela signifie qu'à partir de vendredi minuit, tous les vols en provenance de ces pays seront suspendus jusqu'à dimanche 28 novembre 4 heures du matin. Singapour a également refusé l'entrée sur son territoire aux visiteurs de courte durée et aux titulaires de visas d'études ou de travail de longue durée ayant séjourné dans les pays susmentionnés au cours des 14 derniers jours.

Cependant, les restrictions de voyage, même les plus extrêmes, ne constituent pas une solution à long terme. Récemment, des pays sur différents continents ont commencé à enregistrer leurs premiers cas, dont un en Belgique, un en Israël et quatre à Hong Kong.

Alors que devrions-nous faire ?

Face au risque de voir ce variant pénétrer sur le territoire vietnamien, nous devons prendre des mesures de précaution minutieuses, notamment :

Mesures temporaires : Restriction de l’entrée dans les pays où des variants circulent ou dans les pays limitrophes, notamment : le Botswana, l’Eswatini, le Lettonie, le Mozambique, la Namibie, l’Afrique du Sud, le Zimbabwe, Hong Kong, la Belgique et Israël. Poursuite de la surveillance et ajout de nouveaux cas à la liste ci-dessus si nécessaire. Ces mesures doivent être maintenues jusqu’à ce que nous ayons une compréhension complète du variant et de son impact sur l’efficacité du vaccin, ou jusqu’à ce que le système de santé soit prêt à faire face à une nouvelle flambée épidémique.

- Développer un système de dépistage des variants circulants en séquençant des gènes ou en effectuant un TaqPath aléatoire sur des échantillons collectés, y compris des échantillons nationaux ou importés ;

- Élaborer une stratégie nationale de vaccination pour vacciner en toute sécurité dans les plus brefs délais, en passant à la troisième dose pour les groupes à risque, notamment les personnes de plus de 65 ans, le personnel médical et les personnes souffrant de maladies sous-jacentes, en particulier celles qui ont reçu deux doses de vaccins en plus des deux vaccins à ARNm homologués.

- Renforcer le système de santé de base, augmenter la capacité d’échantillonnage ainsi que la capacité de test RT-PCR en temps réel pour pouvoir renvoyer les résultats dans les 24 heures suivant le prélèvement des échantillons ;

Message de 5 000

- Mettre sérieusement en œuvre le message 5K

Développer des vaccins capables d'accroître la protection contre ce variant. En théorie, la combinaison de mutations de la protéine Spike devrait réduire considérablement l'efficacité des vaccins actuels, et le variant Delta l'a démontré. Ainsi, même s'il n'est pas complètement inactivé, la capacité de nous protéger contre ce variant sera considérablement réduite.

Bien que nous ne comprenions pas encore totalement le mécanisme et l’impact de ce variant sur le cours de l’épidémie, nous devons rester vigilants face à tout risque de voir ce variant pénétrer dans le pays, imposant une fois de plus un fardeau terrible à un système de santé fragile et encore en voie de rétablissement.

Faire face à une épidémie causée par la souche Delta nous a causé trop de pertes en ressources humaines, en ressources matérielles et en esprit, et nous ne pouvons absolument pas laisser cela se reproduire, effaçant complètement les efforts de vaccination du passé.