DN kinh doanh tạm nhập - tái xuất không nhất thiết phải nộp tiền thuế tại Kho bạc nhà nước mà có thể nộp tiền (hoặc chuyển khoản tiền thuế phải nộp) qua các ngân hàng thương mại. Sau khi nhận được thông tin từ ngân hàng thương mại, cơ quan hải quan sẽ làm thủ tục thông quan hàng hóa cho DN.
Việc liên kết giữa cơ quan hải quan và các Ngân hàng thương mại là một bước tiến lớn giúp DN thuận tiện trong việc nộp thuế XNK
Mới đây, Tổng cục Hải quan đã có Công văn số 5259/TCHQ-TXNK trả lời một số Cty trên địa bàn Hà Nội về việc nộp thuế hàng tạm nhập tái xuất. Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan thì hiện nay, Tổng cục Hải quan đã thực hiện việc ký kết thỏa thuận hợp tác thu Ngân sách nhà nước (NSNN) với 12 Ngân hàng thương mại cổ phần (Agribank, BIDV, Mbbank, Viettinbank, Techcombank, Vietcombank, Maretimebank, Abbank, Hdbank, VIBank, Vpbank,MHBbank) và triển khai tại 34 Cục Hải quan tỉnh, thành phố theo Công văn số 4454/TCHQ-TXNK ngày 02/8/2013 của Tổng cục Hải quan).
Nếu DN nộp thuế qua các ngân hàng thương mại đã kết nối trao đổi thông tin về thanh toán thuế, bảo lãnh thuế điện tử với cơ quan hải quan hoặc chuyển tiền nộp thuế qua ngân hàng khác mà ngân hàng đó thanh toán bù trừ với các ngân hàng đã kết nối với Tổng cục Hải quan thì thông tin nộp thuế của DN được cập nhật ngay vào hệ thống quản lý thuế của cơ quan Hải quan.
Khi làm thủ tục XNK hàng hóa, DN thông báo cho công chức hải quan nơi làm thủ tục đã nộp tiền thuế của lô hàng, công chức Hải quan kiểm tra cơ sở dữ liệu tại chương trình quản lý thuế KTT559 để xem xét xử lý thông quan cho lô hàng đó. Vì vậy DN không nhất thiết phải nộp tiền thuế tại Kho bạc nhà nước mà có thể nộp tiền (hoặc chuyển khoản tiền thuế phải nộp) qua các Ngân hàng thương mại. Sau khi nhận được thông tin từ Ngân hàng thương mại, cơ quan hải quan sẽ làm thủ tục thông quan hàng cho DN.
Việc liên kết trên giữa cơ quan hải quan và các Ngân hàng thương mại là một bước tiến lớn giúp DN thuận tiện trong việc nộp thuế xuất nhập khẩu, rút ngắn thời gian đi lại, chờ đợi nộp tiền thuế, đặc biệt những DN có số lượng tờ khai đăng ký nhiều và đăng ký tại nhiều địa điểm khác nhau. Quy định phải nộp thuế hoàn toàn nộp thuế xuất nhập khẩu qua kho bạc như trước đây gây khó khăn nhiều cho DN.
Trường hợp trong cơ sở dữ liệu của hải quan chưa có thông tin thanh toán thuế của ngân hàng thương mại, cơ quan hải quan nhận thông tin nộp thuế chuyển từ Kho bạc nhà nước để xác định lô hàng đã hoàn thành nghĩa vụ về thuế và làm thủ tục thông quan hàng cho DN.
Trên thực tế vẫn có một số lỗi về hệ thông kết nối giữa cơ quan hải quan và hệ thống ngân hàng nên khi DN đã nộp tiền thuế qua Ngân hàng thương mại nhưng hệ thống Kế toán KT559 của cơ quan hải quan vẫn báo chưa nộp thuế và bị hệ thống cảnh báo. Trong trường hợp này, DN nên mang theo giấy nộp tiền, chuyển khoản để công chức hải quan đối chiếu, điều chỉnh lại trong Hệ thống KT559 và làm thủ tục thông quan cho DN.
